Es muy difícil eliminar los olores en el proceso de compostaje, según el material celulósico que se utilice, se forman micrositios anaerobios, que cuanta mas humedad y mas compacto sea el compost, se genera resistencia al paso de aire y se genera esa situación anaeróbica tan poco deseada.
La anaerobiosis da pie a fenoles, terpenos, acetonas, compuestos nitrogenados y azufrados. Estos compuestos intermedios del metabolismo requieren una acción aeróbica que muchas veces es por canales de oxigenación y hace que se complete la degradación.
No todos los malos olores se producen en fase anaerobia. La degradación de las proteínas con baja relación Carbono/Nitrogeno genera amoniaco que es utilizado por los microorganismos y que con pH menor de 7, permanece el nitrógeno como NH4+ en la fase acuosa, pero si el pH es superior a 8,5, se genera NH3, y con esto los malos olores.
El amoníaco es un gas más ligero que el aire, por lo tanto no es tan duradero como los compuestos azufrados, pero es mucho más intenso cerca de foco de emisión.
La relación amonio/amoníaco, es influenciada por altas temperaturas y sistemas de aireación.
El compostaje emite olores en su fase inicial y en la fase de volteo. El comienzo del compostaje causa contaminación odorífera cuando se compostan materiales con 25/1 de relación carbono/nitrógeno o una mezcla que tenga más de 60% de humedad..
Los malos olores pueden aparecer cuando se mueve el material en compostaje en alta temperatura, al lugar de curado. Si este material queda sin tapar y luego llueve, se puede tapar los micro poros, causando anaerobiosis y malos olores.